Le mode de gouvernance des Cités des Métiers et des Compétences favorise, de par ses spécificités, une plus grande agilité en termes d’organisation et accorde une flexibilité plus accrue dans la gestion de la Cité.
Les CMC sont gérées par des sociétés anonymes, filiales de l’OFPPT. Le conseil d’administration est composé de représentants de l’Etat, de la région et de professionnels (CGEM, fédérations et associations professionnelles régionales, ...).